De loge Sint Jan werd opgericht op 30 augustus 1951 en op 17 november 1951 formeel opgenomen in de Orde van Vrijmetselaren onder het Grootoosten der Nederlanden, met als rangnummer 178.

Er bestond toen reeds een loge Sint Jan in Bandung (Indonesië), doch die werd in 1959 verboden en het Logegebouw werd in 1961 op last van president Sukarno gesloopt.

Het logegebouw in Bandung

In die periode vonden vele (gedwongen) repatrianten als Vrijmetselaar weer hun thuishaven in de loge Sint Jan in den Haag. Zij vonden daar de vertrouwde sfeer terug van het elkaar kennen, waarderen en het op gelijkwaardige en eerlijke wijze met elkaar omgaan. De eerste doelstelling van de loge was de repatrianten de helpende hand te bieden. De mensen, die uit het voormalig Nederlands Indië moesten vertrekken, waren vaak nog nooit in Nederland geweest. Zij kwamen hier, berooid, in een totaal vreemde omgeving en cultuur, waar distributie-bonnen het contact met de samenleving bepaalden en in een voor hen kille en ongeïnteresseerde maatschappij. Deze mensen moesten worden opgevangen, voorgelicht, maar bovenal een plek gegeven worden, waar zij iets van de warmte en hartelijkheid en gastvrijheid uit Indië terug zouden vinden.

Verweesde kinderen bij Sint Jan in Bandung

Hoewel nog slechts een enkeling van die categorie over is, is de warmte en saamhorigheid gebleven.